巴氏杀菌机的设计原理是在一定的范围内温度越低，细菌繁殖的速度越慢，而温度较高时则会杀灭很多种类的细菌，不同细菌原体适用生存的温度范围以及耐冷热能力不同，巴氏杀菌机利用细菌原体不耐热这一特点，通过不同产品不同温度不同时间来进行杀菌，并经过高温和保温时间将其杀灭。
巴氏杀菌机根据其加热方式可分为，蒸汽杀菌机，电能杀菌机，燃气杀菌机，燃煤杀菌机，巴氏杀菌机除去杀菌这一功能还可以对部分食品蔬菜进行蒸煮，漂烫。将杀菌槽内的热水温度控制在80-90摄氏度之间，即可达到杀菌效果，又能保证蛋白质等营养成分不在较大的温差范围内波动，保持食品原有的品质，达到对食品不添加防腐剂，也能延长保质期，从而保障人们的饮食健康，杀菌后即可进行冷却，可用强风将包装表面吹干后入库，延长食品保质期。