酶底物法为GB5750-2006收录的用于大肠杆菌检测标准方法，酶底物法是目前水中大肠杆菌检测的方法，目前以其方便快捷，假阳性低，适用大量样品快速检测等优点正逐步被国内检测部门所认可。
相对于多管发酵和滤膜法，酶底物法检测步骤大大减少，而且对实验环境要求不高，检测时间可减少到24小时，在日常水样监测及应急监测中具有很好的应用前景，可及时检测，预防，限度的减少重大公共安全事故的发生几率。 以GB5750-2006中总大肠菌群测定为例，比较三种方法，如表所示。
表1 多管发酵法、滤膜法及酶底物法比较统计
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| 多管发酵法 | 滤膜法 | 酶底物法 |
| 检测时间 | 3-5天 | 2-3天 | 1天 |
| 假阳性 | — | 23-26% | 1% |
| 检测范围 | 2-1600MPN/100mL | — | 1-2419.6MPN/100mL |
| 环境要求 | 洁净实验室 | 洁净实验室 | 无特殊要求 |
| 实验人员要求 | 有专业基础、操作熟练 | 有专业基础、操作熟练 | 简单培训即可 |
| 定量标准 | MPN表 | 直接计数 | MPN表 |
| 定量方法 | 15管 | 菌落计数 | 51或97孔板 |
方法优势：
1.无需在无菌室内操作。
2.手工操作时间小于1分钟。
3.无需培养基制备和大量玻璃器皿灭菌。
4.24小时即可完成定性定量分析，无需验证试验。
已经列入
1.GB/T5750.12-2006《生活饮用水标准检验方法》微生物指标。
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