本系统工艺流程专为生产制药用纯化水而设，系统采用多介质过滤器、活性炭过滤器作及保安过滤器作为前级处理，有效除去原水中的悬浮物、泥砂、微粒、有机硅胶体、有机物、异味、余氯等杂质，使经过处理后的原水符合反渗透的进水要求，然后进入程控二级反渗透装置去除水中的溶解性盐类物质、细菌、热源等，其产水电导率≤2μS/cm，符合《中国药典》2005版纯化水各项指标及GMP规范要求。
本系统设置有自动和手动两种运行模式。自动程控装置采用三菱或西门子PLC(可编程控制器)作为中心控制元件，通过多点多路水位传感器、动态压力控制器组合监测各部件的运行情况来实现系统的自动运行。设置了手动操作方式，可用于系统安装调试和维修时使用。
系统中的关键部件均采用国际名厂产品，工艺流程由水处理专业高工设计，严格按照反渗透膜的设计导则进行计算和设备选型，保证反渗透膜系统能长期稳定运行。
方式为传统的除盐方式,水中的盐全部依靠离子交换的方式除去,需要大量酸碱溶液对离子交换树脂再生,因此运行费用增加,并且再生后的排水对环境也有一定的污染。（传统型）
二种方式为改良的除盐方式,水中的大部分盐类用反渗透方式除去,但混床中交换树脂的再生仍需要酸碱。因此此种方式只是改良后的除盐方式,运行费用降低,对环境也有污染。（普通型）
三种方式为环保型的除盐方式,去除了在超纯水制备中酸碱的使用,实现了全过程的环保化。（高标准型）