显微镜为了使用时不那么容易出现故障我们就必须做好清洁工作，在显微镜主要的就是清洁了如果你能够排除照明不均匀或光阑设置不正确等错误的显微镜设置，接下来便是检查样品。如果样品没问题，检查样品载玻片和盖玻片，必要时予以清洁。如果你仍然无法查明质量降低的原因，而且所用的浸镜油正确无误，那么问题可能是显微镜本身存在污染物。
显微镜的一些组件，如滤色块和内部光学元件，应由生产商的专家负责清洁，用户切勿碰触。其他容易变脏的组件可由用户小心清洁，这些组件包括：
1)物镜前透镜
2)保护相机传感器的玻璃罩，可能还有传感器自身表面
3)聚光透镜
4)目镜透镜
5)所有其他可以自由接触的玻璃表面
首先，你应该准确找出污染物的准确位置。相机上的污垢容易辨认，因为旋转或移动相机时，图像中污垢的位置不改变。如果它的位置的确改变，那么污垢则位于其他部位。你也可以通过稍微转动物镜对其进行检查。检查显微镜的其他部件时，好是正确地观察它们。若条件允许，例如检查目镜时，我们建议在明亮均匀的背景前手持透镜进行观察。如果污染物随组件移动而移动，一般可以认为它位于该组件上。污染物种类繁多。松动或非性污垢包括灰尘、皮肤碎屑或载玻片、盖玻片破碎时的玻璃碎片，等等。顽固污垢一般分为水溶性和溶剂可溶性类别。然而，在实践中，它通常是两者的混合物。
清洁显微镜的目的，当然是为了恢复的图像品质。因此，需要清除光学元件上的所有杂质，当然，不能损坏这些元件。问题是，清除特定类型污染物的佳途径是什么？一般情况下，首先，找出污垢并仔细检查。如果是污染较重，应当先清除松动的污垢，接着清除水溶性污垢，后轮到只能用溶剂清除的污垢。如果显微镜光学元件上只有浮尘，好是用压缩空气将其清除。这种方法特别温和，可防止光学元件损坏。一般而言，小风箱足以产生所需的气流。
