在发达国家将高效液相色谱仪方法作为常用的环境监测方法，如美国EPA531方法，用高效液相色谱—荧光法测定饮用水中的N—甲基氨基甲酸酯杀虫剂；EPA605方法用HPLC/电化学法测废水中的联苯胺类化合物；EPA8310方法用液相色谱仪/荧光分析固体废弃物中的多环芳烃，就连气体中的有害有机物不少也是用高效液相色谱仪测定。

高效液相色谱仪已在环境分析中得到广泛应用，特别适用于低挥发性、分子量大、热稳定性差的有机污染物质的分离和分析。如多环芳烃、酚类、多环联苯、邻苯二甲酸酯类、联苯胺类、阴离子表面活性剂、有机农药、除草剂等，其中多数属于美国清洁水法案中颁布的114项优先有机污染物范围。
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