1、整机处置
整个仪器系统（包括色谱柱）用流动相冲洗干净。对于使用含缓冲盐体系流动相的系统，必须用纯水替换掉原流动相（至少20倍柱容量，250mm色谱柱大概是50mL），定要用纯有机溶剂（甲醇或乙腈）冲洗全部流路！这样才能保证整个系统在不使用时不长菌。将所有管路的吸滤头置于有机溶剂中，密封。

2、色谱柱保存
色谱柱的保存是关键，必须保存于合适的溶剂中。
对于反相色谱柱可以储存于纯甲醇或纯乙腈中；正相色谱柱可以储存于脱水的纯正己烷中；离子交换柱可以储存于含防腐剂水中，然后用堵头密封好。有条件的将整根色谱柱置于相同溶剂的标本罐中，可以保存很长时间。
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