离子色谱技术的优势是非常明显的，已成为环境监测中的分析手段，但当前技术尚不够成熟和完善影响了其在环境监测中的应用。主要体现在以下几个方面：

1、水中亚硝酸盐中氮含量的测定由于某些因素的影响，监测人员并不能准确的检测出水环境中亚硝酸盐氮的含量。要解决这一问题，可以采取增加进样体积或将样品富集后再进样的方式，改进离子色谱技术进样体积较小的现状，从而准确测定出水环境中亚硝酸盐氮的含量，以保证水环境监测准确性。根据情况也可选择利用峰高定量。
2、水中氟离子含量的测量水环境监测中对氟离子含量的检测具有重要作用，但是水中氟离子含量极易受到乙酸、甲酸及水电导的影响，导致离子色谱技术无法准确测定出氟的含量，差距较大。要解决这一问题，监测人员应当加强对离子和电导的控制，首先可以采用高纯度的去离子水作为流动相；其次在实验过程中尽量降低背景电导，保证水环境中电导的一致性，尤其是做标准曲线与待测样的背景电导要一致。最后为提高氟离子检测结果的准确性，在绘制标准曲线的同时需要做好氟离子峰面积积分工作，从而消除峰面积对曲线所产生的影响。
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