高效液相色谱仪液相系统干扰峰第二个方面是离子对、螯合剂这种难以洗脱的试剂对液相系统的污染。此类污染物多半是由于使用完毕含有离子对、螯合剂之类的流动相后，对系统的冲洗不所致。此类污染物主要对一些采集波长较低的方法产生干扰，普遍表现是基线噪音大或者干扰峰，但随着方法的运行会逐渐趋于正常。

高效液相色谱仪液相系统第三个方面是高效液相色谱仪系统滋生细菌。对于系统滋生细菌，多数读者可能觉得不可思议，因为液相系统使用完毕都会用有机相冲洗保存。目前很多方法流动相A都是水相，虽然水相每日都会新配制，但如果由滤头到比例阀这一段管路长时间在水相中就会滋生细菌。高效液相色谱仪随着时间的运行，梯度洗脱中会逐渐的产生干扰峰。此类问题虽然比较隐蔽，但比较容易解决，只要每日对放置纯水相的通道用有机相冲洗即可避免此类问题。