购仪器设备时，在关心仪器的价格和品牌外，采购人员更关心仪器设备的配置情况，是否能满足后期的使用要求。就离子色谱仪采购而言，采购人员首先应了解购买离子色谱仪主要用于那些离子的检测，了解待测样品的基本情况、化合物性质、是无机还是有机离子、酸性还是碱性、亲水性、电荷数等。待测目标离子决定选用哪一种分离方式的主要根据离子的水合能和疏水性。
根据离子分离方式的不同,可将离子色谱可分为高效离子色谱(HPIC)、离子排斥色谱(HPICE)和流动相离子色谱(MPIC)等三类。水合能高和疏水性弱的离子，用高效离子色谱(HPIC)分离；有一定疏水性也有明显水合能的pH值在1-7之间的离子，用离子排斥色谱(HPICE)分离；水合能低和疏水性强的离子，用亲水性强的离子交换分离柱或流动相离子色谱(MPIC)分离。

有些物质的分离可能有几种方法可以选择，我们的方案可以根据基体的类型、选择性、分析过程的复杂程度、分析成本高低来决定。不同类型离子可选用的分离方法和检测方法进行了汇总。一般的规律是：对弱离解和电化学活性的离子，可选用安培检测器；离子通过柱后反应生成或离子本身在紫外、可见光有吸收或能产生荧光的离子，可选用荧光检测器或UV/VIS；紫外或可见无吸收以及强离解的酸和碱，用电导检测器。
在溶液中以离子形态存在的物质(无机、有机离子)，以强酸(甲基磺酸、硝酸)或弱酸的盐(碳酸钠,氢氧化钾)为流动相，离子交换分离，电导检测。若待测化合物为弱碱，因为在强酸性溶液中会以阳离子形态存在，选用较强的酸作流动相，阳离子交换分离;对接近中性的水溶性的有机分子(相对常见的小分子而言)，若待测物为弱酸，则由于弱酸在强碱性溶液中会以阴离子形态存在，因此选用较强的碱为流动相，阴离子交换分离。