使用仪器分析样品时，大都需要对样品进行处理，以使样品达到可以用仪器分析的状态。离子色谱仪主要是分析以水为溶剂的样品中的阴阳离子。离子色谱仪内部各零部件的连接都是采用直径非常小的管路相连，因此，不溶于水的固体颗粒非常容易堵塞管路。对于含有不溶物的样品，必须用0.22或0.45微米的滤膜过滤样品，除去颗粒物的杂质，对于含有颜色污水的样品，里面是有很多有机物的，如果直接进样的话，这些有机物会残留在色谱柱当中对色谱柱造成严重的污染，导致色谱柱性能快速下降，严重影响使用寿命，因此，需要将过滤后的水样过白色的C18预处理小柱以去除有机物，用H柱或Na柱处理除去重金属阳离子，或用其他方法处理。样品前处理没有固定方法，应根据样品实际情况采取相应的处理方法。一个分析实验的最重要的部分往往是对于样品的处理，所以实验员应更多的去学习样品的处理方法。

在使用预处理柱前，需按以下步骤对其进行活化后方可处理样品： 
（1）用5 mL 甲醇活化固相萃取小柱，推动速度每分钟不超过 3 mL；
（2） 用 10 mL 去离子水冲洗小柱，推动速度每分钟不超过 3 mL；
（3）将小柱平放 20 分钟；
（4）将 5 mL 样品缓慢推入小柱，推动速度每分钟不超过 3 mL，弃去前 3 mL；收集2 mL样品，稀释进样或直接进样。预处理柱可反复使用，每次使用前按照上述步骤1－3重新活化即可。如重新活化后，柱填料颜色不褪去，则应改换小柱。