高压是液相色谱仪的核心。泵密封圈是最容易磨损的零件。密封圈损坏可能导致液体泄漏或压力波动；止回阀的正常运行非常重要。如果失效，将直接影响流动稳定性。正常状态下的高压泵是液相色谱准确分析的基础。高压由电机、凸轮组、柱塞杆和泵头组成。

长期在高压下运行会逐渐磨损泵头的内部结构，尤其是在使用含盐或未过滤的色谱时。泵的性能和使用在很大程度上与流动相有关。流动相在进入机器前必须经过过滤和脱气。
所有溶剂在使用前必须经过0.45m(或0.22m)的过滤，以去除杂质颗粒。使用膜过滤时，要特别注意区分有机相(脂溶性)膜和水相(水溶性)膜。有机相滤膜一般用于过滤有机溶剂，过滤水溶液时流速低或过滤器不动。水相滤膜只能用于过滤水溶液，严禁使用有机溶剂，否则会溶解滤膜。对于混合流动相，可在混合前单独过滤。如果混合后需要过滤，请选择合适的过滤膜。选择时，请参考滤膜的化学相容性表。