调试好的奥林巴斯显微镜CKX31只不过说明基本条件可以提供使用。但是在每次使用前，根据使用不同倍率、不同光路、不同照像系统都需要作一些调整。使用前首先接通电源。察看主机底盘下面的电压标识盘上显示的数字，是否符合额定输入电压.如果仪器内符合额定电压，就可接通电源开关。指示灯点亮之后先给低档电压顶热灯丝。这样作可以延长灯管寿命。逐步加大电压到6V或8V,把光路转换标识盘旋到BI位置上。放置好标本。lox物镜旋入光路。把聚光镜转台置于明视野位置"CT”上。再调孔径光栏。如果观察反差小的标本时，孔径光栏小些。能够显现出标本的反差为适宜.调整双筒目镜的瞳距.有些人两眼瞳距小约52mm，有些人瞳距大些，约58mm。将双目镜筒的宽度调到根据个人瞳距宽度，肴到进人双眼的视野变成一个视野为准再调视度，先用无视度调节补偿环的目镜调焦.当标本看得清晰时，再旋转另一目镜的视度调节补偿环，使标本同样清晰。在进行显微照相时，把光路转换到向相机，可以看到十字线和图框。转动调焦螺旋使十字线变成双条十字线，如图所示。十字线的平面与照相底片的平面相同。
　　
　　较简易的倒置奥林巴斯显微镜CKX41的照像系统安装在倾斜式双目镜筒的直立式单镜筒上.这种单镜筒上选择适宜倍数的照像目镜(photo长视距)。再从上面插人照像系统.当使用这种照像系统时，必须知道两具光路转换把柄.其一位于镜简头中。拉出把柄时，全部成像光束向照像系统投射过去。推入把柄则全部成像光束投射向目镜。第二个光路转换把柄位于对焦接目镜根部。这种圆筒型把柄在推入位上.只显白色环形沟痕。在这位置上全部成像光束只投射到对焦接目镜中.向外拉出此把柄到第二个扣位时，显蓝色环形沟痕。在这扣位上光路转换装置将80%的光束投向照像暗箱，而将20%的光束投向对焦接目镜。再向外拉到第三扣位时，出现黄色环形沟痕。在这扣位上全部光束投向旁侧的另一窗口。各国厂家的大型奥林巴斯显微镜的光路转换装置，每个扣位的颜色不一定相同。但只要了解了一种靠自己试探，均可学会操作。
　　
　　操纵调焦螺旋调准标本上的焦距之后，应该再次调整视野光栏，使之光栏边缘外切视野。调整光源中心，旋入滤光镜。一般明视野观察时，使用浅蓝色滤光镜或浅灰色滤光镜。
　　
　　我们已在显微摄像专章的光和色一节中提到过;灰色滤光镜是无选择地均匀吸收光源中的所有谱线，使之平均减弱光强。
　　
　　如果视野中光强分布不匀，出现亮斑时，可用散光滤光片奥林巴斯CX21的45WF。使用日光型彩色底片拍摄时，为了提高光源色温到5400K，可加橙色滤光片。使用灯光型彩色底片照像时，为了降低光源色温到3200K，可加绿色或浅蓝色滤光片。在观察对于热辐射敏感的生活细胞时，要加用吸收760nm以上波长的红外光的吸热滤光片。这种滤光片外观上呈透明或微带黄色在进行拍摄时，可把相机安装在OM光路上即主机的前方，或者安装在直立式镜筒上，如OlympusCK型那样。但是要拍摄浮游细胞尤其拍摄显微电影时，相机直接连接主机不太好.因为相机快门活动而产生展颇波，在拍摄瞬间波及到浮游液上，严重影响拍摄效果。为了回避这种展波，可把相机安装在类似IMT-2的MTU光路上，并加接不能传送展波的适配器。还可加接多光路镜简。
　　
　　一般实验室既然有经济能力购置高档倒置显微镜，必然会有普通CM100显微镜。用油浸系统观察标本，不必使用倒置镜。但是有时会有必要使用倒置镜观察油浸系标本。例如实验室
　　
　　中只有一台显微照相系统时，而且只有倒置镜带照像设备时，不得不这样作。这时把油浸物镜旋进倒置奥林巴斯显徽镜的物镜转换器的旋槽中。将标本的盖片上滴一滴镜油。把标本的盖片面翻转向下安置在载物台上。用调焦螺旋降下载物台，使物镜浸没在镜油中。本来倒置显微镜不适用于油浸观察.所以不得不用一块带孔的有机玻片把标本垫起来。这样就可进行拍摄。