随着这些新技术的普及，需要评估相同方法的不同实现的性能，并测量不同方法之间的差异。例如，LSCM 中灵敏度、分辨率和可接受噪声限值的定义是什么，测量它们的方法是什么？对 LSCM 和 WFM 的早期比较发现，这些系统的性能存在显着差异——商业平台的特定实现产生的噪声限制了这些系统的性能，其方式无法通过简单考虑照明、检测器或光路来预测17. 随后对同一成像方法的不同实现方式的比较揭示了针对不同应用的特定成像平台的性能差异，在某些情况下，针对同一应用的同一方法的不同实现之间存在差异38 – 40。因此，不同平台执行方式的差异决定了它们的使用方式，以及最终可以用它们做出的发现。

迄今为止已发表的成像方法的比较主要是受挫折的影响——这个实验室和其他作者实验室的仪器没有达到预期的效果。不令人满意的性能会立即转化为不完整甚至未执行的实验，因此有必要描述和理解这些限制。迄今为止发表的面的研究只涵盖了有限数量的不同成像方式的几个例子，以及每一种38、39的几个例子。默里等人。38专注于一个表征——特定样品由特定剂量的照明产生的信噪比——因此可用于比较不同成像模式在低光成像（例如活细胞成像）中的效用。这项特定研究用的结果可能是确定成像方式之间的一般差异，并开发用于比较 3D 成像系统的测试样本。然而，要全面了解系统差异和跨多个领域的适当使用，还需要更多的测量，而这到目前为止还没有实现。

标准化在商业领域很常见，其中一个共同的定义、接口或一组维度意味着不同的制造商可以根据定义的标准构建系统。一个熟悉的例子是 2006 年发布的用于 HCS 的 96、384 和 1,536 孔板的设计和布局的 ANSI 标准（ANSI/SBS 1-2004 至 ANSI/SBS 4-2004；）。随着大量的板、机器人和成像系统制造商以及学术实验室的许多努力，定义这些板中孔位置的规范有助于确保各种设备的实用性，并将该领域的注意力适当地集中在技术开发和科学发现。这一发展的关键参与者是生物分子筛选协会，这是一个代表学术和商业科学家以及商业供应商的机构。虽然这是一项重要成*，但它只是生物显微镜领域可能发生的标准化的一个例子——用于检测器、照明设备和成像系统的许多其他组件。